Santa Cunegonda venne educata dal padre, Sigfrido, primo conte di Lussemburgo e dalla madre Edvige, in un ambiente profondamente religioso.

Divenuta adulta, sposò Enrico, duca di Baviera, il quale, dopo la morte di Ottone III  che non ebbe eredi, riuscì a far valere i propri diritti al trono di Germania e a diventare imperatore del Sacro Romano Impero, facendosi ispirare dalle gesta di Carlo Magno.

Di li a poco, Enrico pose la corona imperiale sul capo della sposa; l’incoronazione avvenne a Roma nell’anno 1014, celebrata da papa Benedetto VIII.

Cunegonda, col consenso di suo marito, fece voto di castità, condizione che mantenne per tutta la durata del suo matrimonio.

Per questo, si racconta che la Santa imperatrice attirò l'ira del demonio, che servendosi delle male lingue riuscì a diffamarla agli occhi del re. 

Questi sospettò gravemente della regina e fu necessario l'intervento di Dio per ristabilire la pace e l'unione fra i due coniugi. 

Cunegonda infatti, servendosi delle preghiere, ottenne, dalla Divina Misericordia, di poter passare a piedi nudi su di un braciere, senza riportare la minima scottatura. 

Grazie a questo miracolo, che accertò l'innocenza e la santità della sua sposa, Enrico si gettò ai piedi della regina chiedendo perdono.

La riacquistata pace durò poco: mentre Cunegonda era intenta a fabbricare un monastero per le monache benedettine in Kaffungen,voto da lei espresso a seguito di una grave malattia, Enrico morì. 

Ormai sola, Cunegonda si spogliò dei vestiti imperiali e, ritiratasi tra quelle sante suore a cui aveva edificato il monastero, indossò un abito religioso.

Dopo esseri fatta monaca, sembrò dimenticare completamente di essere stata imperatrice e trascorse in monastero quindici anni senza mai permettere che nessuno le riservasse qualche premura o preferenza. 

Da allora, infatti, Cunegonda  trascorse le sue giornate in preghiera e nella lettura delle Sacre Scritture, svolgendo i lavori più umili, praticando la penitenza attraverso l’astinenza dal cibo e portando conforto alle sorelle ammalate.

Quando fu ormai sul letto di morte, si accorse che le sue consorelle stavano preparando un vestito ricamato d’oro per coprire le sue spoglie; chiese che lo portassero via poiché il suo desiderio era quello di essere seppellita con l’abito religioso.

Morì il 3 marzo 1033 con sepoltura a Bamberga, accanto all'imperatore. 

Nel 1200 fu canonizzata da  Papa Innocenzo III.